К 1945 году Уилер уже справился с задачей обучения персонала Археологической Службы своему методу — методу систематических раскопок, с акцентом на раскопках по естественным слоям, или стратам, и записью слоя, в котором были найдены те или иные объекты. Чтобы ускорить процесс обучения, Уилер проводил раскопки в квадратных участках, разделенных стенами-промежутками шириной, достаточной для того, чтобы выдержать тачку; четыре стены каждого квадрата предоставляли множество прекрасных возможностей для изучения археологических слоев.
Теперь он обратил внимание на то, что впоследствии стало главным предметом его археологических исследований — на цивилизацию Хараппы. Последующие пять лет он опять и опять будет руководить раскопками в Хараппе и Мохенджо-Даро в поисках новых открытий и пытаясь понять то, что уже было открыто Маршаллом. В Хараппе его любимым делом стала идентификация массивного укрепления, построенного из глиняных кирпичей на высоком западном холме, которое он назвал цитаделью.
«Стена,— писал Уилер,— с башнями высотой 9 метров имеет толщину 15 метров, ее следы можно обнаружить везде. Все это — чистый феодализм». Однако отсутствие серьезного оружия — было найдено только несколько топоров, кинжалов, булав и наконечников для стрел — казалось, свидетельствовало против предположения о военном режиме хараппского общества.
Тем не менее Уилер видел доказательство авторитарного правления в существовании 14 похожих на бараки строений около цитадели — каждый был похож на последующий и удивительно напоминал жилища рабов фараона в древнем Египте. Присутствие множества округлых кирпичных платформ, в одной из которых нашли предмет, принятый Уилером за деревянную ступку, дало возможность предположить, что жители Хараппы умели молоть зерно и получать муку.